分子模拟实验课参加者 王靖薷

发布时间:2019/03/14 08:45:12   点击:  

3月14日 星期四 晴

开学第三周,我期盼许久的任选课“分子模拟实验”终于正式开讲啦!今天,学院苑世领老师为我们介绍了分子模拟的基本知识,并演示了分子模拟软件的部分用法。

分子模拟实验是山东大学为本科生开设的特色任选课,国内仅有武汉大学和山东大学等一小部分高校有开设。分子模拟是指利用理论方法与计算技术,模拟或仿真分子运动的微观行为的一种科学研究方法。这使得模拟既与以往的实验概念重合,又一定程度上超越了传统的理论,成为了独立于实验与理论之外的现代化学重要的研究手段之一。

课上,苑老师先是向我们展示了一些利用软件制作的分子模型。结构复杂的蛋白质分子,清晰呈现在屏幕上,全面展示着复杂的立体结构;那些需要很长实验周期的实验,通过分子模拟,在计算机的帮助下,节约了人工,证实了一些理论上的猜测,也为实际的实验提供了理论指导。分子模拟在一定程度上更快地证实或推翻了化学人的构想,是化学发展的有力工具。

正式讲解过程中,老师介绍了模拟需要用到的坐标系、经典模拟力场和动力学模拟相关函数,理论极其复杂,我们只能听懂一点皮毛,于是又对软件的开发者多了一份崇敬。还好我们课程的主要要求是对分子模拟方法的简单应用。老师以乙烯分子为例,向我们解释了分子模拟中的一些重要参数的含义,又打开软件,绘制了一个苯环,简单演示了软件的功能。

一节课很快过去了,但它带给我的惊喜迟迟没有散去。在老师生动的讲述中,我被这门分支学科中所包含的理念深深吸引了。化学作为一门实验学科,在我的理解里,一直是理论与实验相互交织,相互促进着发展的。而今天,苑老师为我们带来了第三个元素——模拟。这门技术的学习,一定会对我今后学习化学有所帮助。这门任选课是不可多得的学习机会,我将好好珍惜,在有限的课程里学会初级的软件应用,争取在今年科创实验结项时,用上自己用软件绘制出的图形。


【作者:2016级本科生 王靖薷 来自单位:化学院 责编:郭胜楠 谢婷婷】